目前，較為常見的代建管理模式有兩種：一種是全程代建模式。建設(shè)項目獲得初步設(shè)計即概算批復(fù)到項目竣工驗收合格之后，也可在合同中設(shè)定為項目保質(zhì)期滿之時。另一種模式是兩段式代建即項目前期代建和后期代建兩個階段。項目前期代建是編制項目建議書開始至項目施工總包、監(jiān)理通過招標(biāo)方式確定為止；項目后期代建一般從領(lǐng)取項目開工證開始至項目施工保質(zhì)期結(jié)束。兩段式代建適合于規(guī)模大、工期長的項目。應(yīng)根據(jù)不同的代建管理模式在常規(guī)審計基礎(chǔ)上關(guān)注以下審計重點：

　　項目代建費的審計。由于代建收費迄今為止沒有統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，一般地方都采取代建費加節(jié)余獎勵作為代建單位的報酬。政府應(yīng)該出臺財政、審計等部門認可的代建費標(biāo)準(zhǔn)，最好由投標(biāo)單位投標(biāo)，評審專家評審。項目代建費應(yīng)包括代建單位在項目前期，建設(shè)準(zhǔn)備、實施、驗收階段發(fā)生的成本，應(yīng)交的稅費（如營業(yè)稅及附加稅、所得稅）和合理的利潤。按照財政部財建（2004）300號文件第四項“項目代建單位的代建管理費標(biāo)底由同級財政部門比照基建財務(wù)制度規(guī)定的建設(shè)單位管理費標(biāo)準(zhǔn)編制”的意見，由于標(biāo)準(zhǔn)較低，審計的重點應(yīng)在“節(jié)余獎勵”上，審查與合同約定是否一致。

　　變更工程的審計。一般的代建工程應(yīng)在投資概算之內(nèi)，由代建單位對由安全隱患以及由地質(zhì)因素制約所引發(fā)的追加投資變更進行技術(shù)上調(diào)整，如果有權(quán)威機構(gòu)的免責(zé)請示批復(fù)，則應(yīng)審核追加投資的依據(jù)、批準(zhǔn)程序以及合理變更引發(fā)的核減核增的準(zhǔn)確性，防止越權(quán)審批、虛增投資額和工程量等人為因素的干擾。

　　賠償事項的審計。根據(jù)代建制的設(shè)計要求，代建單位未能完全履行《項目代建合同》，擅自變更擴大規(guī)模，提高標(biāo)準(zhǔn)，致使工期延長、投資額增加或工程質(zhì)量不合格所造成的損失，一律從代建單位的銀行履約保函中補償，履約保函金額不足的應(yīng)扣減項目代建費，代建費不足的由代建單位自有資金支付，該代建單位在一定時間內(nèi)不得參與該地區(qū)代建單位投標(biāo)。同時，也容易發(fā)生代建單位對投資方的索賠問題。因此，對賠償事項應(yīng)列為審計重點，避免人為干擾導(dǎo)致投資和賠償風(fēng)險的轉(zhuǎn)移。

　　管理和效益的審計。重點審查項目建議書提出的依據(jù)與實際建成后的效果是否一致，審查環(huán)境保護設(shè)施的同步性及實施的有效性，分析影響投資效益的因素。審查代建合同，是否明確使用單位或運營單位職責(zé)，是否明確代建單位作為項目法人的權(quán)利和義務(wù)。是否明確對代建單位的約束責(zé)任，如賠償辦法、爭議解決機制、責(zé)任追究、回避和免責(zé)條款等。審查代建單位所有招標(biāo)活動的記錄，是否合法合規(guī)。審查征地拆遷等工程造價控制的有效性。審查財務(wù)支出中合同簽訂單位與付款單位是否一致，有無非法轉(zhuǎn)包分包等問題。審查監(jiān)理、設(shè)計、施工單位簽證的合法性和真實性。對有爭議的事項應(yīng)運用現(xiàn)代化檢查測量工具，避免手工操作的誤差過大而削弱審計報告的權(quán)威性。